COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 23.062702
2020-12-21 17:00:00 25.679059 23.108178 23.057616
2020-12-20 17:00:00 23.492083 23.492083 23.170261
2020-12-19 17:00:00 21.711577 21.711577 23.284674
2020-12-18 17:00:00 -18.615431 23.505113 23.355335
2020-12-17 17:00:00 22.575454 22.575454 23.433570
2020-12-16 17:00:00 22.250924 22.250924 23.565227

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 11.977716 11.977716 17.672046
2020-12-21 17:00:00 14.953271 14.953271 18.388064
2020-12-20 17:00:00 18.336163 18.336163 18.399276
2020-12-19 17:00:00 16.369360 16.369360 18.702441
2020-12-18 17:00:00 19.894829 19.894829 19.101053
2020-12-17 17:00:00 15.648855 15.648855 19.579004
2020-12-16 17:00:00 18.149718 18.149718 20.069414

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 13.409669
2020-12-21 17:00:00 10.917031 30.567686 12.851784
2020-12-20 17:00:00 17.936118 17.936118 12.062883
2020-12-19 17:00:00 20.820189 20.820189 11.367938
2020-12-18 17:00:00 -0.127023 9.431525 11.008905
2020-12-17 17:00:00 11.994322 9.803922 10.529699
2020-12-16 17:00:00 6.834532 13.970588 10.190732

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 8.822787
2020-12-21 17:00:00 8.136095 5.159475 8.877307
2020-12-20 17:00:00 11.630322 11.630322 8.958750
2020-12-19 17:00:00 9.709193 9.709193 8.856047
2020-12-18 17:00:00 8.354615 8.354615 8.715445
2020-12-17 17:00:00 6.573541 6.573541 8.639023
2020-12-16 17:00:00 8.989805 8.989805 8.577654

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 10.239021
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 10.043730
2020-12-20 17:00:00 7.026260 7.026260 10.052080
2020-12-19 17:00:00 8.345058 8.345058 10.138821
2020-12-18 17:00:00 12.772519 12.772519 10.273565
2020-12-17 17:00:00 8.382313 8.382313 10.385653
2020-12-16 17:00:00 12.925463 12.925463 10.592911

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 26.200676 36.471251 34.652345
2020-12-21 17:00:00 43.092728 34.502165 34.942253
2020-12-20 17:00:00 37.900433 37.900433 34.930845
2020-12-19 17:00:00 34.088076 34.088076 34.487923
2020-12-18 17:00:00 37.430287 37.430287 33.798999
2020-12-17 17:00:00 35.035729 35.035729 33.455769
2020-12-16 17:00:00 24.844471 24.844471 32.916639

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 33.436361
2020-12-21 17:00:00 29.683698 86.009732 32.847747
2020-12-20 17:00:00 35.224839 35.224839 32.699044
2020-12-19 17:00:00 20.020555 20.020555 33.213567
2020-12-18 17:00:00 inf NaN 33.548630
2020-12-17 17:00:00 36.480908 36.480908 33.641761
2020-12-16 17:00:00 38.911089 38.911089 34.032566

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 19.758946
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 19.483819
2020-12-20 17:00:00 20.216667 20.216667 19.001548
2020-12-19 17:00:00 18.628617 18.628617 18.520217
2020-12-18 17:00:00 20.269695 20.269695 18.188378
2020-12-17 17:00:00 18.289052 14.750344 17.875211
2020-12-16 17:00:00 16.232038 16.232038 17.741347

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 23.448810
2020-12-21 17:00:00 36.721992 15.649867 23.515872
2020-12-20 17:00:00 29.687500 29.687500 24.355709
2020-12-19 17:00:00 23.221937 23.221937 24.508879
2020-12-18 17:00:00 25.109361 25.109361 24.919951
2020-12-17 17:00:00 28.376535 36.395451 24.921486
2020-12-16 17:00:00 24.314766 24.314766 24.739146

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 20.678648
2020-12-21 17:00:00 21.566402 9.899958 21.017501
2020-12-20 17:00:00 21.749667 21.749667 21.587345
2020-12-19 17:00:00 20.426605 20.426605 22.272852
2020-12-18 17:00:00 22.502870 22.502870 23.021008
2020-12-17 17:00:00 25.296516 25.296516 23.704618
2020-12-16 17:00:00 25.863856 25.863856 24.294112

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 11.027731
2020-12-21 17:00:00 18.222722 5.152672 11.334000
2020-12-20 17:00:00 11.832061 11.832061 11.814358
2020-12-19 17:00:00 10.664740 10.664740 12.228614
2020-12-18 17:00:00 11.285545 11.285545 12.700227
2020-12-17 17:00:00 14.242147 14.242147 13.329772
2020-12-16 17:00:00 12.185834 12.185834 14.132372

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.601164 7.676370
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 7.515423
2020-12-20 17:00:00 8.083442 8.083442 7.203529
2020-12-19 17:00:00 6.524634 6.524634 7.119778
2020-12-18 17:00:00 8.680143 8.680143 7.030876
2020-12-17 17:00:00 7.957245 7.957245 6.910390
2020-12-16 17:00:00 4.012841 4.012841 6.718795

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 41.734034
2020-12-21 17:00:00 33.858268 33.858268 43.602718
2020-12-20 17:00:00 43.694494 43.694494 44.485743
2020-12-19 17:00:00 43.237251 43.237251 44.536253
2020-12-18 17:00:00 40.430622 40.430622 45.663875
2020-12-17 17:00:00 46.742671 46.742671 46.088653
2020-12-16 17:00:00 54.913295 54.913295 46.603223

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 39.334477
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 39.962292
2020-12-20 17:00:00 60.674157 60.674157 41.020186
2020-12-19 17:00:00 30.098684 30.098684 40.513598
2020-12-18 17:00:00 53.747323 53.747323 40.566164
2020-12-17 17:00:00 74.198718 29.326923 39.241559
2020-12-16 17:00:00 55.963303 55.963303 39.664466

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 22.228452
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 21.625640
2020-12-20 17:00:00 36.959429 36.959429 21.408496
2020-12-19 17:00:00 26.473029 26.473029 21.134764
2020-12-18 17:00:00 -1.134286 33.813050 20.819196
2020-12-17 17:00:00 13.940638 13.940638 20.435225
2020-12-16 17:00:00 16.343826 16.343826 20.281028

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 28.746463
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 28.341067
2020-12-20 17:00:00 35.031001 35.031001 29.073846
2020-12-19 17:00:00 33.699098 33.699098 29.548116
2020-12-18 17:00:00 32.565056 32.565056 30.179298
2020-12-17 17:00:00 25.936669 25.936669 30.466181
2020-12-16 17:00:00 29.702547 29.702547 30.902787

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 7.461476 7.461476 8.935868
2020-12-21 17:00:00 14.768772 14.768772 8.971325
2020-12-20 17:00:00 8.921400 8.921400 8.887828
2020-12-19 17:00:00 11.062591 11.062591 8.715120
2020-12-18 17:00:00 6.745562 6.745562 8.469288
2020-12-17 17:00:00 7.386990 7.386990 8.311209
2020-12-16 17:00:00 8.405978 7.945707 8.415116

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.582203
2020-12-21 17:00:00 16.971081 16.971081 17.750455
2020-12-20 17:00:00 17.277487 17.277487 17.853238
2020-12-19 17:00:00 19.900272 19.900272 17.886530
2020-12-18 17:00:00 14.401103 14.401103 18.130977
2020-12-17 17:00:00 15.425438 15.425438 18.221073
2020-12-16 17:00:00 16.527002 21.936148 18.296035

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 10.582192 16.643836 14.625909
2020-12-21 17:00:00 21.023256 21.023256 14.633116
2020-12-20 17:00:00 12.274460 12.274460 14.639831
2020-12-19 17:00:00 13.581489 13.581489 14.578894
2020-12-18 17:00:00 14.005450 14.005450 14.737527
2020-12-17 17:00:00 15.186246 15.186246 14.822575
2020-12-16 17:00:00 12.841387 12.841387 14.986473

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 13.724465
2020-12-21 17:00:00 102.500000 4.149798 13.488174
2020-12-20 17:00:00 13.663845 13.663845 13.872950
2020-12-19 17:00:00 11.941112 23.248408 14.403625
2020-12-18 17:00:00 16.765053 16.765053 14.903369
2020-12-17 17:00:00 18.218623 18.218623 15.190369
2020-12-16 17:00:00 16.034156 16.034156 15.123535

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 20.000000 13.636364 18.237710
2020-12-21 17:00:00 9.183673 22.448980 18.187793
2020-12-20 17:00:00 36.065574 36.065574 18.333388
2020-12-19 17:00:00 13.068182 13.068182 18.733284
2020-12-18 17:00:00 24.000000 24.000000 18.454779
2020-12-17 17:00:00 13.669065 13.669065 18.438432
2020-12-16 17:00:00 14.285714 19.811321 18.407204

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 68.588170
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 69.030287
2020-12-20 17:00:00 88.840413 88.840413 69.519171
2020-12-19 17:00:00 56.448763 56.448763 68.230133
2020-12-18 17:00:00 68.919804 68.919804 68.571895
2020-12-17 17:00:00 71.091731 71.091731 68.473855
2020-12-16 17:00:00 65.550404 65.550404 68.553592

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.977716 11.977716 17.672046
Basilicata 11.382114 11.382114 13.409669
Calabria 12.102243 12.102243 8.822787
Campania 80.796731 80.796731 10.239021
Emilia-Romagna 26.200676 36.471251 34.652345
Friuli Venezia Giulia 28.940432 28.940432 33.436361
Lazio 24.622443 24.622443 19.758946
Liguria 17.632653 17.632653 23.448810
Lombardia 20.243491 20.243491 20.678648
Marche 13.161711 13.161711 11.027731
Molise 5.069124 1.601164 7.676370
P.A. Bolzano 27.419355 27.419355 41.734034
P.A. Trento 48.571429 48.571429 39.334477
Piemonte 19.941133 19.941133 22.228452
Puglia 22.937942 22.937942 28.746463
Sardegna 7.461476 7.461476 8.935868
Sicilia 17.399766 17.399766 17.582203
Toscana 10.582192 16.643836 14.625909
Umbria 9.982487 9.982487 13.724465
Valle d'Aosta 20.000000 13.636364 18.237710
Veneto 64.870554 64.870554 68.588170

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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